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제품특징
□ 특징
● Illumina NGS sequencer와 Ion Torrent sequencer에 적용가능한 NGS Library 제작
● Single cell 또는 10pg 수준의 극소량 total RNA 샘플에서 cDNA 합성 가능
● 간단하고 빠른 1 tube protocol
● GC 함량이 높은 유전자도 효율적으로 증폭가능한 SeqAmp DNA Polymerase 포함
● 기존 SMARTer Ultra Low 시리즈보다 검출 유전자 수가 대폭 향상됨
□ 제품설명
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing은 Single Cell, 극소량 (Ultra-Low input) 샘플을 위한 SMARTer Ultra Lowkit 시리즈의 4세대 제품으로써 매우 적은 양의total RNA로부터 NGS용 cDNA library를제작할 수 있다. 본 제품은 Clontech의 핵심기술인 SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)에 Locked Nucleic Acid (LNA) 기술을 접목함으로써 이전 세대의 제품보다 더욱 많은 수의 유전자수를검출할 수 있다. 본 제품의 핵심기술인 SMART (Switching Mechanism at 5’ Endof RNA Template) 법은 세포의 splice junction과 alternative splicing event를 포함한 전반적인 전사체 연구(full transcriptome analysis)에 있어 매우 유용한 기술이다. 또한, 본 제품은 high quality RNA (RIN > 8)나 intact cell로부터 특이적으로 mRNA를 증폭할 수 있다. 이와 함께 LNA 기술은template switching의 효율을 더욱 향상시켰으므로 그 어떤 제품보다 유전자 검출 수를 증폭시킬 수 있다.
□ Applications
- Transcriptome sequencing을 위한 극소량의 totalRNA 또는 single cell에서 cDNA 합성 - 본 제품으로 합성한 cDNA는Clontech LowInput Library Prep Kit (code 634947) 또는 Nextera XTlibrary preparation kits을 사용하여 Illumina 용 NGS Library제작 가능 - 또한, Ion Xpress Plus FragmentLibrary Kit을 사용하여 Ion Torrent용NGS Library 제작 가능
Figure1. Flowchart of SMART cDNA synthesis. The SMART-Seqv4 Oligonucleotide, 3’ SMART-Seq CDS Primer II A, and PCR Primer II A allcontain a stretch of identical sequence. The black star indicates a chemicalblock on the 5’ end of the oligonucleotide.
Figure 2. Higher sensitivity and better mappabilitywith the SMART-Seq v4 kit.Replicate libraries were generated from10 pg Mouse Brain Total RNA using the SMART-Seq v4 kit, the SMARTer Ultra Low v3 kit, or the SMART-Seq2 method. 18 PCR cycles were used to amplify cDNAlibraries with the SMART-Seq2 method and SMARTer Ultra Low v3 kit; however,only 17 PCR cycles were needed for the SMART-Seq v4 libraries. 
Figure3. Gene body coverage is good for all three library preparation methods. Gene body coverage shown is the average of two replicate librariesprepared from 10 pg Mouse Brain Total RNA using the three different cDNAsynthesis methods. The SMARTer Ultra Low v3 kit produced a slight 3′ bias, andthe SMART-Seq v4 kit produced a slight 5′ bias; however, the overall coveragewas fairly even.
Figure4. Reproducibility is high for low-input samples. FPKMs from replicate libraries generated from10 pg of Mouse Brain Total RNAusing the SMART-Seq v4 kit, the SMARTer Ultra Low v3 kit method were compared.For transcripts with FPKM <100, the correlation between replicates was muchhigher for the SMART-Seq v4 kit (Pearson R = 0.739; Panel B) compared to theSMARTer Ultra Low v3 (Pearson R = 0.376; Panel A). For all transcripts (shownin the scatterplots on the right) the correlation between replicates was highfor each of the three methods (Pearson R between 0.911-0.972), though theSMART-Seq v4 kit did have the highest correlation. Transcripts represented inonly one replicate can be seen along the X- and Y-axes of the scatter plotsshowing all transcripts.
□ 구성품
* SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit forSequencing Components (not sold separately)* SeqAmp DNA Polymerase
