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제품특징
□ 특징
● Inputs as low as 10 ng of purified total RNA
● Streamlined workflow for specific enrichment of transcripts of interest
● Generate Illumina®-ready, full-length sequencing libraries from the enriched DNA
● Ligation-independent sequencing adapter addition for library preparation
□ 제품설명
SMARTer®Target RNA Capture for Illumina®는 enriched totalRNA로부터 cDNA NGS Library 제작을 위한complete system이다.Targeted RNA-Seq은 적은 양으로 존재하는일부 전사체 (transcript)의 sequence coverage와검출 강도를 높일 수 있으므로 기존의 전장 전사체 분석 (Whole transcriptomeamplification (WTA) RNA-Seq)의 여러 가지 한계점을 해결할 수 있다. 또한기존의 WTA 방식에 비하여 실험 방법이 보다 단순하여 분석 비용을 절감할 수 있다. cDNA합성 전, 분석하고자 하는 RNA 전사체만 특이적으로농축 (Enrichment)함으로써 chimeric genefusion, transcript isoform, splice variants 등 시퀀싱 과정에서 손실되거나 더 많은 양의 sequencing read number를 요구하는 RNA 전사체의정보를 효과적으로 잡아낼 (capture) 수 있다. 이에따라 NGS 데이터의 signal-to-noise ratio의비율을 감소시킬 수 있으므로 보다 높은 민감도와 분석능으로 NGS 분석을 시행할 수 있다. SMARTer® Target RNA Capture for Illumina®의실험단계에서 total RNA 샘플은 연구자가 디자인한biotinylated DNA probe와 total RNA sample을 Hybridization된다. Hybridized RNA-DNA Complex는정제 후, streptavidin이 코팅된 magneticparticles - Capture beads에 의하여 분리 (Capture)된다 (그림 1.) Capture Beads는 단백질과 핵산에 낮은 흡착력을보이기 때문에 PCR 또는 역전사 반응과 같은 추후 실험 반응 (downstreamreaction)에 영향을 미치지 않는다. Capture beads는 SMARTer® Target RNA Capture for Illumina® 제품 내에 포함되어 있으며, 별도로 구매 가능하다 (Code 635039).본제품은 Clontech 특허의 SMART-Seq®v4 Ultra Low Input Kit for Sequencing 기술의 민감도가 결합되어 있어, enriched transcript로부터 고품질의 full-length Cdna를합성할 수 있으며 10ng의 RNA로부터 Targeted RNA-Seq Library를 제작 가능할뿐만 아니라 Clontech 자사 데이터에 의하면 100pg의 total RNA input에서도 성공적인 실험결과를 보였다 (TechnicalNote 확인하기). 본 제품은 oligo(dT) priming을 이용하며 high-quality RNAsample을 필요로 하며 추가적인 rRNA 제거 과정이나 시약을 필요로 하지 않고 제조된 NGS Library는 Illumina® NGS Platform로분석 가능하다. 
그림 1. SMARTer® Target RNACapture for Illumina® protocol overview. The protocol through validation is completed over two days, withjust 2.5-3 hours of hands-on time and without the need for additional rRNAremoval methods or kits.
그림 2. Example electropherogram results from Agilent 2100 Bioanalyzer. Unless indicated, 10 ng of Control Total RNA was subjected tohybridization with HPRT1 Control Probes, capture with Capture Beads, SMART-Seqv4 cDNA synthesis, and amplification for 20 cycles as described in theprotocol. Panel A shows a single distinctpeak between 1,400-1,650 bp. Panels B and C show no productin the negative controls (no RNA and no probes, respectively). Panel D shows the cDNA profile resulting from 10 ng of Control Total RNA hybridized toprobes for 10 different genes, following amplification for 17 cycles.
□ Application
- Sequencing library preparation fortargeted RNA-seq from purified total RNA - Illumina®-specific NGS sequencing libraryproduction - Detection of rare gene fusion events atlow sequencing depth
□ 구성품
- SMARTer Target RNA Capture for IlluminaComponents- SeqAmp™ DNA Polymerase
