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제품특징
□ 특징
● Highly sensitive quantification of Illumina sequencing libraries
- the qPCR-based assay can measure even low concentration libraries
● Allows specific quantification of only DNA molecules bound to adapters
● Reduces variability in cluster density to improve sequencing results
- use prior to sequencing to ensure optimal loading concentration
● Complete kit
- includes qPCR primers and reagents, and DNA standards for absolute quantification using a standard curve
□ 적용
Illumina NGS library quantification by qPCR
□ 제품설명
High-quality의 Illumina next-generationsequencing 데이터를 얻기 위하여, 적절한 양의library DNA를 이용하는 것이 필수적이다. Library DNA의 양이 부족하면 cluster 밀도 (cluster density)가 낮아져 시퀀싱수율(sequencing yield)이 낮아진다. 반면, Library DNA의 양이 너무 많으면 Cluster 밀도가 높아져 High-quality의 데이터를 얻을 수 없다. 전기영동(Electrophoresis)이나 분광 광도 측정(spectrophotometry)과같은 기존의 NGS Library 정량 방법은 sensitivity가낮고, adaptor-bound DNA에 대하여 비특이적 일뿐만 아니라, 많은 양의 Library DNA가 필요하다.Library Quantification Kit은 고감도의 qPCR 기반의 정량법을 사용하기때문에 Illumina의 NGS 반응에 사용되는 adaptor sequence를 특이적으로 검출할 수 있다. 또한, 샘플 내에 adaptor가 부가되지 않은 DNA분자가 있더라도 sequencing library의 농도를 측정가능하며, library 제작 과정에서 adaptor ligation을확인하는 데 사용할 수도 있다.본 제품에는 standard curve 작성을 위한 DNA Standard가 포함되어있어, library DNA의 절대정량이가능하며, DNA standards for Library Quantification(Code 638325)는별도로 구매 가능하다.
그림1. A typical RNA-seq workflow. Generatingsufficient amounts of library DNA and loading an appropriate amount on the flowcell is essential for obtaining high-quality NGS data. The LibraryQuantification Kit, a qPCR-based quantification method that targets Illumina’sadapter sequences, can be used to measure library concentration and ensureoptimal loading concentration
그림 2. Lot-to-lot variation for DNA Standards. Quantification of three lots of pre-diluted DNA Standards (0.01,0.1, 1, and 10 pM) was performed by real-time PCR using Terra qPCR Direct SYBRPremix following the protocol in the LibraryQuantification Kit user manual.All reactions were performed in triplicate, and the resulting Ct (SDM) valuesfor the triplicateswere averaged. The variation between lots was <5%.
□ 구성품
Library Quantification Kit (Code 638324)
● Terra qPCR Direct SYBR Premix (Code 638319)
● Primer Mix Kit
● DNA Standards for Library Quantification (Code 638325)
□ 보존
TerraqPCR Direct SYBR Premix: -70℃ (융해후, 4℃에서 6개월 보존)기타: -20℃
